HOPEX permet de représenter la structure de l'entreprise. Pour cela, l’organigramme permet d’indiquer la hiérarchie des acteurs de l'entreprise, de préciser par quelles personnes est tenu le rôle de chaque acteur et sur quel site il est installé.

HOPEX permet également de définir les responsabilités des processus organisationnels via la matrice RACI (en anglais : Responsible, Accountable, Consulted, Informed) ainsi que des processus métier.